در مورد تعریف و شناسایی شرکت‌های دانش‌بنیان در کشور عموما اختلاف نظری جدی میان صاحبنظران وجود دارد. بعضی این شرکت‌ها را مجموعه‌ای از اعضای هیئت علمی دانشگاه‌ها و پژوهشگران دانسته و به گونه‌ای آنها را متصل به دانشگاه می‌کنند. برخی دیگر این شرکت‌ها را بر اساس کارکرد‌ها و خروجی‌شان دسته‌بندی می‌کنند و ضریب پررنگی به عناصر عضو این شرکت‌ها قائل نیستند و معتقدند که این دانش است که اصلی‌ترین مزیت این شرکت‌هاست و محصولات آنها اعم از کالا و خدمات آنها دانش‌بنیان است. اگر تعریف و یا روش شناسایی دوم را بپذیریم، این شرکت‌ها مسائل و لوازمی برای ورود به بازار و عرصه تولید دانش‌بنیان پیش رو دارند که در زیر به اختصار این موارد را بر می‌شمریم.
